永禄7年（1564年）には、本願寺が末寺に課した銭300文を納め、天正8年（1580年）には、本願寺一門寺院の興正寺に所属するなど、地域の門徒を統括する中心的な寺院であった。
梵鐘は、当時まだ高岡の鋳造技術があまり発達していなかったため、金沢で作られたもの。
江戸時代、加賀藩主が江戸で没すると、金沢城下に戻る途中に西土寺で遺体を一時安置し、読経を行って位牌を作ったと伝えられる。そのため、西土寺には、五代藩主綱紀、七代宗辰、八代重熙の位牌が残されている。
本堂に向かって左手には、かつて位牌を安置する廟があり、その入り口にあったとされる門が今も残っている。高貴な人物のみが使うことを許されていた赤い石が用いられている。